Das Augustiner-Chorherrenstift Herzogenburg besitzt mit seiner Hencke-Orgel aus dem Jahr 1752 eine der bedeutendsten Orgeln unseres Landes. Bereits 1749, im Jahr der Fertigstellung der neuen barocken Stiftskirche, erteilte der damalige Propst den Auftrag zum Bau einer völlig neuen Orgel. Der Auftrag erging an Johann Hencke, der aus der Stadt Geseke in Westfalen stammte und sich in Wien als „bürgerlicher Orgelmacher“ niedergelassen hatte, von wo aus er weite Teile der Donaumonarchie mit Orgeln versorgte. Die Herzogenburger Orgel war wahrscheinlich Henckes summum opus, jedenfalls ist von ihm keine größere Orgel bekannt. Am 18. Dezember 1752 erklang die Orgel zum ersten Mal feierlich beim Gottesdienst. Der prächtige Prospekt der Orgel, die grüne Fassung des Gehäuses und das goldene Rankenwerk strahlen Harmonie und Ruhe aus.

Klangliche Besonderheiten der Herzogenburger Orgel sind zum einen der Prinzipal (Praestant) 16´ im Hauptwerk, der dem Werk die nötige Gravität im großen Plenum verleiht. Zum andern tritt das zweite Manual, das sogenannte Großpositiv, mit seinen 12 Registern auf Prinzipal 8´-Basis als zweites Hauptwerk auf. Weiters ist der große Reichtum an Grundstimmen, Prinzipale, Flöten, Streicher und zwei Quintadenen (auch die Quintadena 16´ im Großpositiv wurde von Hencke als 8´-Register konzipiert) bemerkenswert, was eine große Vielseitigkeit und stilistische Bandbreite der alten barocken Orgel mit sich bringt. Die reichlich vorhandenen Klangkronen (Mixturen, Cimbel) verleihen der Orgel einen nicht verwechselbaren silbernen Glanz.

Vernachlässigt man die Erweiterungen des Tonumfangs im Jahre 1964, so besitzt das Instrument noch heute einen Anteil von über 70% an Hencke-Pfeifen, davon auch die zwölf originalen Zungenpfeifen der Posaune 8´ im Pedal. Über die ersten hundert Jahre der Hencke-Orgel liegen leider keine Archivalien vor. Erst von 1850-1886 sind Wartungs- und Stimmarbeiten durch den Orgelbauer Franz Reusch in einem Pflegevertrag nachweisbar. Nach der Innenrestaurierung der Stiftskirche 1890 muss sich das Instrument allerdings in einem sehr schlechten Zustand befunden haben. So gab es Ende des 19. Jahrhunderts bereits Um- bzw. Neubaupläne für eine Orgel, die dem damaligen Zeitgeschmack und den technischen Neuheiten (etwa pneumatische Traktur) entsprechen sollte.

Zum Glück fehlten dazu die nötigen finanziellen Mittel, sodass Leopold Breinbauer 1894 nur eine größere Reparatur und einige moderate klangliche Veränderungen durchführen konnte. Die alte Keilbalganlage wurde bei dieser Gelegenheit durch zwei Magazinbälge ersetzt, die hinter der Orgel in der Turmkammer untergebracht sind. 1964 wurde die Orgel von der Kremser Orgelbaufirma Gregor Hradetzky restauriert. Die klanglichen Veränderungen von Leopold Breinbauer wurden dabei wieder rückgängig gemacht, die Tonumfänge von Hauptwerk und Pedal erweitert. Im zweiten und dritten Manual blieben die ursprünglichen barocken Tonumfänge weiterhin erhalten. Nachdem im Jänner 2007 der Sturm „Kyrill“ das südliche Fenster über der Orgel zerstört hatte, ist es zu einer erheblichen Verunreinigung der gesamten Orgel gekommen. Bei einer Generalreinigung durch die Orgelbaufirma Josef Diethard Pemmer konnten die entstandenen Schäden beseitigt werden.

Bei dieser Gelegenheit schien es günstig, auch die Posaune 16´, die bei der Restaurierung 1964 erneuert worden war, gegen eine neue Posaune 16´ im Klangstil Johann Henckes auszutauschen. Da von Johann Hencke selbst keine Posaune 16´ mehr bekannt ist, wurde nach einem anderen Vorbild aus der Zeit Henckes gesucht. Die Wahl fiel dabei auf den berühmten Zeitgenossen Gottfried Silbermann, mit dessen Bruder Andreas Hencke nachweislich in Briefkontakt gestanden ist. So konnte im August 2008 das neue Register in die alte Orgel eingebaut werden. Die Herstellung der Pfeifen mit Holzbechern aus Fichte sowie der Einbau in die Orgel wurden durch OBM Josef Diethard Pemmer durchgeführt. Die Bleikehlen stammen vom Dresdner Orgelbauer Christian Wegscheider.  Die Finanzierung konnte glücklicherweise durch Pfeifenpatenschaften gänzlich abgedeckt werden.