Bereits 1160 schenkte Bischof Konrad von Passau dem Stift Herzogenburg die Kirche zu Marquartsurfar und erhob sie zur Pfarre. Dieser ursprüngliche Pfarrort wurde 1337 von der Donau zerstört und die Pfarre daraufhin 1340 in Haitzendorf neu errichtet. Als Filialen gehörten zur Pfarre auch die Kirchen von Brunn und Theiß (unter Kaiser Joseph II. selbständige Pfarren).
Für eine kurze Zeit im 17. Jh. stand die Pfarre Haitzendorf unter Administration des Augustiner-Chorherrenstiftes Dürnstein.